Myndigheten har befogenhet att besluta om upphandlingsskadeavgift på upp till 20 miljoner kronor.
Konkurrensverket har agerat snabbt efter beslutet 26 augusti i Region Stockholms trafiknämnd om att teckna ett nytt nödavtal med SJ för två års trafik fram till 2028.
Myndigheten registrerade ärendet förra veckan utifrån mediabevakning och meddelade i en skrivelse igår att en utredning har påbörjats.
Region Stockholm har i första skedet fram till 26 september på sig att svara på ett antal frågor kring bland annat rättslig bedömning av avtalet, dess värde och om det riktats skadeståndsanspråk mot regionen.
Konkurrensverket granskade ifjol gällande nödavtal mellan Region Stockholm och SJ med bedömningen att den var i linje med EU:s kollektivtrafikförordning.
Skillnaden då var att SJ kunde hänvisa till trafikstörningar för att säga upp avtalet med MTR och byta operatör.
I en intervju nyligen uttryckte Natacha Otte Widgren, chef för en av Konkurrensverkets enheter för upphandlingstillsyn, en förhoppning om ökat fokus på upphandling av kollektivtrafik.
– Kollektivtrafikärenden är ofta väldigt komplexa, men vi ser ett behov av att öka vår tillsyn där och ge mer vägledning, sade hon till Upphandling24.
Bestämmelserna om upphandlingsavgift, maximalt 20 miljoner kronor och högst tio procent av avtalets värde, reglereras i det aktuella ärendet av lagen om upphandling av koncessioner.
