Enligt myndigheten har det anbud som lämnats in av Nextjet inte uppfyllt kraven och det handlar om att det saknas information om bland annat mellanlandningsflygplats och tidtabeller.
En ny upphandling kommer nu att inledas men med betydande risk för ett trafikuppehåll till Arvidsjaur, som ligger i södra delen av Norrbottens läns inland, under sommaren.
Handläggningen av flygavtal tar förhållandevis lång tid genom att de måste vara i samklang med EU:s luftfartsförordning.
– Det är olyckligt med ett sådant glapp i trafiken. Det är inte bra, framförallt för resenärerna som berörs allra mest. Men förhoppningen är, om allt går bra, att trafiken ska vara ingång på slutet av augusti, säger Anna Fällbom, chef för trafikavtal på Trafikverket, till SvT Norrbotten.
Nextjet meddelar i ett pressmeddelande att man ska utvärdera Trafikverkets beslut om att i nuläget inte gå vidare med ett trafikavtal och håller öppet för ett överklagande.
Operatören har sedan 2011 trafikerat sträckan Arvidsjaur-Arlanda med trafikplikt men utan ersättning från Trafikverket. Enligt Nextjet är sträckan sedan förra året inte längre lönsam eftersom antalet resenärer minskat och nuvarande trafik upphör i slutet av maj.
Kommentatorerna ansvarar för sina egna kommentarer